大运河承载的一项重要功能为漕粮北运，就是向京师运送南部各省的粮食及物资，保证皇城宗室、官兵百姓的用粮需求，维护中央王朝的稳定。
经过历朝赓续，大运河漕运成为国家治理的重要组成部分，并逐渐影响社会政治、经济、军事、文化各方面。到了清代，大运河漕运达到顶峰，有效沟通了南北经济，在政权运行过程中扮演着重要角色。但随着社会变革步伐加快，内外交战割断了大运河南北交通，财政结构的演变导致漕运在清晚期逐步走向衰落。可以说，漕运的兴衰见证了中国最后一个封建王朝的兴盛衰亡。
漕运走向鼎盛
唐宋以后全国经济重心南移，统治者依靠大运河联结南北，使得大运河逐渐演化为南北交通的重要生命线，有效推动了南方经济发达地区与北方商业重镇的发展。
作为封建王朝沟通南北的经络，大运河漕运强化了王朝统治的稳定性，由此形成的运河经济促进了沿岸农业、商贸和城市的繁荣。尤为重要的是将南方粮食运到京师，满足政治中心官民生计的需要，实现资源在全国范围的调配，从而维持政权的正常运转。
清代继承明代南粮北运的漕运措施，即通过征收、运输、交仓、保管等环节，借助大运河将产自于江苏、安徽、浙江、江西、湖南、湖北、山东、河南的秋粮运往北京，形成了完备的粮食供给体系。
漕粮大体可以分为官粮与民粮两套系统。通过大运河输入而来的漕粮属于官粮体系，主要满足皇室王公、八旗兵丁的生计需求。在京设有禄米仓、南新仓、旧太仓等十二仓，还有内务府专管的丰益仓，通州设立的西仓、中仓、南仓。这些仓场属于中央管辖，具有举足轻重的地位。为此，清廷专门设立总督仓场侍郎的官职，满汉各一人，驻扎通州，总理京仓、通仓及北运河漕务。各仓的粮食主要来自上述八个产粮省。清前中期通过大运河，后期兼通过海运与陆运，每年有约四百万石粮食运往京师。
由南方各省通过大运河而来的漕粮，大多供给吃公粮的特权阶层，其中九成以上发给了在京的八旗兵丁。清朝定鼎中原后，数十万八旗兵丁聚集于内城，并不从事农业生产，而是按照身份等级领取钱粮。朝廷所发的粮米十分优厚，最低等的步兵每月也能领十一石米，相当于七八品官员俸禄的一半，养家糊口绰绰有余。除了自家食用，这些粮食还可以兑换钱财，用以补贴家用。长此以往的养尊处优，使八旗兵丁逐渐养成懒散的生活习惯，这也导致了八旗的日渐衰落。
各仓储存之米根据成色分成不同的等级。白米和次白米，指的是优质稻米和次级稻米；糯米被称为江米；有些稻米因潮湿泛黄，被称为老米，口感较差；更差的则是米色已红的梭子米。此外还有小米，即粟米。
官员按不同的等级，领取不同的米种。王公贵族、一二品官员可以享用白米、次白米、江米、粟米，官位低微的官员则只能领取老米和梭米了。八旗兵丁所领之米主要为老米、梭米和小米，每个季度以佐领为单位，雇用车夫到各仓场领米。
为此，清代专门修筑了一条自朝阳门至运河码头的石路。每到领米日，往返于仓场大道，浩浩荡荡的运米车辆成为京城一道独特的风景。
漕运促进了通州的城市建设与文化发展。通州城是大运河的北端，富甲商贾、贩夫走卒汇聚于此，城镇因而兴旺。每年三月朔日的开漕节，漕运总督、仓场侍郎、巡漕御史、巡仓御史、地方官员与数万民众齐聚通州运河西岸，庆祝首批粮帮到达，各种民间表演场面十分壮观。
开漕节后，大小商船日夜不息川流于运河之上，通州八景之一“万舟骈集”由此而来。户部坐粮厅、各省漕运总局等办事机构的设立、配套措施的逐步完善、人口的逐年增多，促进了工商业的繁荣。
时至今日，通州以“堤”“垡”“湾”“厂”以及与漕运管理机构相关的“楼”“林”等字命名的村落还有很多。由此可见，大运河不仅是有形的历史遗迹，也是一项蕴含着中华民族文明智慧的无形文化遗产。
漕运除了运输粮食，随同搭运的还有朝廷允准的免税商货，即土宜。在清代，土宜运输呈现增多之势，雍正朝可附加四十石土宜，至道光朝已至一百八十石。漕船携带的商品包括农产品、棉织品、丝织品、油类、干果、食物、纸张、药材、各类杂货等。
由于南北经济差异，南向北的漕船多附带运输手工业品，北回南的漕船则多运输农产品。大运河长年不息、商贸不止，南货附重艘入都，北货随轻船南下，可见，运河已成为南北商贸的大动脉，成为古代中国国家治理的一个创举。
制度弊端凸显
漕运有效解决了京师官民的生计，有清一代一直是重要的拉动经济的措施。为了保证漕粮运输，征收、起运、交仓、保管各个环节均有着严密的办事规章制度和详细的处罚奖惩条例。
但自清中期以来，与漕运相关的规章制度和惩罚条例形同虚设，没有得到有效监管，加上河患不绝、运河梗阻、农民起义、战争赔款的逼迫，使得漕运内部各个环节的问题在嘉庆、道光年间逐渐暴露出来且积重难返。
一、征收过程中的浮收与折色
清朝施行漕粮征收定额制，完成额度是漕运官员最为关注的问题。只要满足征收定额即可交差，这为不同层级的胥吏巧立名目、暗箱操作提供了很大空间。漕粮运输不免耗损，地方在征收时向粮户加征，即所谓的浮收。为避免超出正额过多，州县官与监兑官、粮道亲临稽查，但仍然不能杜绝胥吏从中操控，也不乏监守自盗的情形。
除了浮收外，还有折色，即利用各地粮价不一，将漕粮折价收银，再到粮价低的地区补买，这也是胥吏舞弊的主要手段之一。甚至有些胥吏将收上的漕粮掺杂糠秕、劣米、沙土，以次充好，从中渔利。这种现象在清朝统治的后期愈演愈烈。
二、漕粮起运途中不乏徇私弊政
清朝的漕运实行漕粮军运，长运者称为旗丁，旗丁另立户籍，又因旗丁的主要任务是运送漕粮，故又称运丁。
运丁终年往来于运河之上，其原来所分得的屯田无人耕种，大多荒芜，收入也大幅度减少，而其所得到的津贴根本不足以偿付漕运各级官吏的贪索，因而运丁常常是“倾覆身家，十而有六”。
失之于此，则必取之于彼。为了从中渔利，许多运丁依据各地粮价行情，在运输途中高价变卖漕粮，再低价采买。清廷发现了这一问题，明文规定：盗卖漕粮所得一律没收，所买次米充公，来年由该运丁添补所盗之米；盗卖不足一百石，运丁与买商均枷号一月，打三十大板；同时施行连坐制，一船出事，牵连其他九船，即十船连保法。这一系列惩罚措施非常严厉，但也不能从根本上杜绝倒卖问题。
除了倒卖漕粮外，运丁还有其他谋利手段。在清朝，政府允许漕船运输一定的土特产沿途售卖。有些运丁携带的土宜远远超出经制额度，造成运船搁浅抛锚，耽误运期。
三、交仓的各项陋规繁多
运丁将漕粮运到通州后，还要接受当地坐粮厅官吏的审核验收。当时，通州称量漕粮盛行一种小底大口的铁斛，斛口大、边又宽，所称粮米出尖，斤两远超额度，一斛就多出几升，十斛多出一斛，损失均由押运官来承担。
押运官不得已要贿赂验收人员，名为茶果银。此等贿赂之风愈演愈烈，茶果银逐渐演化成明码标价。按照船只所运之米计算，大体上运送稻米之船，每船八两，粟米减半，品级最高的白米最高达到十四两，这还是雍正朝改革之后的数额，此前原本是三十几两。每年下来总额达到五万两，用于漕运官员养廉、月饷、造册、雇用仓役等开支。此外如投文纸张、各衙门杂费、营汛住船、坐粮厅验收单、仓场饭食、经济过斛等每一个环节无不设卡，暗箱操作，附加的陋规远远超过正税金额，“赋重猛于虎，漕弊胜豺狼”。漕粮进仓后，官吏还将好米与次米分开，以权谋私，收受领米者的好处费。
四、各种私贩与回漕严重
运输至京津地区的漕粮价格高昂，商贾则从当地贩运私粮，偷卖给漕帮，以此充当漕粮，从中赚取差价，被称为回漕。
商贾为了谋取更多利润，势必购买米色不纯的陈米，以次充好，因此，回漕是被清廷严令禁止的。由于有利可图，八旗兵丁千方百计变卖手中余粮，回漕逐渐形成一条产业链。官方出台了严格登记造册制度，要求内城之米出城需登记、领米之人要钤印，但依然不能禁止回漕的发生。
退出历史舞台
漕运作为中国古代社会重要的经济运行方式，孕育出王朝政治视野下加强中央集权与平衡南北经济发展的历史经验。随着时代变迁，延续数千年的漕运在社会巨变中走向衰败，并最终在清晚期退出了历史舞台。究其原因，大致包括如下几个方面。
一、战争与黄河改道冲击了漕运
咸丰五年（公元1855年），太平天国起义军横扫南部各省，清军接连大败，漕粮北运大受影响。雪上加霜的是，那一年黄河在铜瓦厢决口，侵占河道，截断了南北运河。
尽管由此带来的河道淤塞、运丁难雇、费用高昂等问题由当时兴起的海运得到一定程度缓解，但漕运的形成与演化牵扯错综复杂的人际网络与利益群体，难以单纯以经济效益衡量，以民营之海运替代官营之漕运、新法代替旧规势必有较长的路要走。
况且中国为农业国家，自古以来征服海洋的经验略逊于内陆航行的经验。面对波涛汹涌的大海与京师重地的粮食补给重任，许多官员显然不愿承担失职后果，这就为保留运河运输提供了一线生机，为庙堂之外的地方督抚与庙堂之上的内廷官员袒护河运提供了借口。
二、经济利益与关系网络是漕运存废的重要因由
据统计，每石粮米由南至北用银四两，当然这是保守的估计，也有夸张说法是十八两，催科征调、查验督运每个环节都产生费用。
每年四百万的漕粮，据估算耗银一千五百万两有余，这是一笔巨大的财政开支。对于财政日囧的晚清政府来说，废除河运漕粮无疑有利于政府效能的提升。
但偏偏这项陋政却难以废除，根本原因就在于关涉经济利益，海关税侩、通州仓胥、屯丁水手、沿岸各省的地方官吏、沿河的河工官员人人从中分肥，利益均沾。
三、义和团运动对河运漕粮产生了巨大冲击
大体而言，到了清末，江浙漕粮运输以海运为主，山东、河南及江北则是河运。义和团运动爆发后，海运遭到列强封锁，致使原来大宗的漕粮运输出现危机，清廷令各省筹设转运局，采运粮食入京。不想事态愈发严重，1900年八国联军攻入北京，慈禧率光绪等人先是逃往山西，之后入陕，各地陆续将江北漕粮转运至山东德州，由德州周转至晋陕，以满足随行官员的基本需要，但与之并行的则是江浙各省的漕粮奏销费用激增。
光绪二十七年（公元1901年）秋，两宫回京提上日程，京畿粮食供应又成重点，洋兵未退、漕船损失大半，一系列棘手难题促使清廷改革漕政，先由招商局商船走海运将江苏、江北和浙江漕粮海运至塘沽，再转火车运至永定门，比之漕运费用低、速度快。由于轮船与火车等现代交通工具的兴起，漕运难有重新启用的空间。
四、晚清漕运的最终停止是出于财政因素的考虑
先是太平天国起义时，南方湖广等省份漕粮北运困难，转而折合成银两，原本是临时性的应急举措转为常制。战后农村凋敝，恢复漕运势必加赋，恐生民变，况且河道与漕船年久失修，修复是很大一笔费用。更为肯綮的是，彼时的南方漕粮停止北运并未影响到京畿的粮食供应，很大原因在于流民大量涌入京郊成为农户，所产粮食供应了北京、天津市场，甚至大豆等农作物成批运往上海等地，京师在缺少漕粮供应的情形下，依然可以满足人口生计。
废除漕运可革除弊政、撙节开支，每年节省各项经费一千万两左右。由此，光绪二十七年（公元1901年），在两宫回京之前，清廷正式颁布停漕改折的上谕。经过几年的过渡，有着将近两千年历史的漕运正式退出历史舞台。
运河漕运规模大、牵涉广、事务繁，关系国家政治稳定、经济发展、战争成败、商业繁荣、文化传播，备受历代统治者关注。
围绕漕运衍生出一整套管理制度，体现了中国古人治理国家的经验与智慧，对封建王朝的政治、经济、文化等方面都产生了极其深远的影响。
时至今日，研究大运河漕运的兴衰，从历史深处撷取有益于现在和未来的经验，为国家治理提供镜鉴，不失为读史的意义所在。